Если вы планируете ударно провести время, то я бы рекомендовала бронировать пакет (трансферы, отель, экскурсии) в агентстве Это даст возможность получить массу экскурсий на русском языке в составе группы за приемлемые деньги. Ватикан — очень громоздкий объект, на него обычно уходит не менее 4 часов, потом можно перекусить и продолжить экскурсией по собору Св. Петра.
Осмотр галереи Боргезе занимает порядка 2х часов, поэтому в этот день можно добавить обзорную экскурсию (пешеходную или на экскурсионном автобусе).
Рекомендую посетить следующие соборы, часа в 4е можно уложиться: Св. Лестницы + Св. Креста + Павла + Иоанна. После отдыха/обеда можно продолжить прогулкой по Трастевери.
Недалеко от Рима находятся Флоренция и Неаполь. Полтора часа на электричке и вы окажетесь в совершенно других, потрясающих городах. Если будут силы и время, то советую съездить :)